국새는 정부중앙청사 본관 19층에 위치한 국새실 내 인궤 안 ‘인궤내함’에 보관된다. ‘국새함장(國璽函欌)’은 국새 자체를 보관하는 곳이 아닌 각종 의장품을 보관하는 장소다. 국새는 그 상징성에 걸맞춰 그 의장품도 화려하다. 국새의장품 16종은 매듭, 자수, 침선, 칠, 소목, 배첩, 두석, 칠피, 종이배접 등  해당 분야의 장인들이 모여 만든 작품이다. 나무와 종이, 가죽 등 사용된 재료는 모두 최상품이다. 서울시 무형문화재 14호 칠장 손대현(58) 씨는 국새를 올려 놓는 상인 인상(印床), 인궤를 올려놓는 상인 소배안상(小排案床), 국새를 찍을 때 사용하는 상인 배안상(排案床), 그리고 각 상의 받침이 되는 요판 제작을 담당했다. 손 씨는 “국새의장품들은 조형미도 훌륭하지만 오직 최상급의 전통재료를 이용, 철저히 전통기법에 의해 제작됐다는 점에서 그 가치가 매우 크다”고 말한다. 인궤는 ‘국새외함’이라고도 하는데 칠피 명장 박성규(55) 씨가 두 달간 전국의 어시장을 찾아 헤맨 끝에 부산 자갈치 시장에서 찾아낸 120cm의 거대한 철갑상어의 가죽을 사용했다. 국새내함을 싸는 보자기인 내함 겹보자기는 자수명장 유희순(51) 씨가 제작했다. 이 보자기는 바늘귀에 실을 꿸 때 일반적으로 이용하는 침 대신 밀납을 사용했으며 순금사로 자수를 했다.

대통령이 매일 수 만 건의 문서를 관리하는 것이 불가능한 탓에 실제로 국새를 날인하는 일은 행정안전부 의정담당국 직원이 담당한다. 헌정식에서 국새제작단 민홍규 총괄책임자로부터 새 국새를 건네받은 사람은 당시 노무현 대통령도, 이명박 당선인도 아닌 박명재 행정자치부(현 행정안전부) 장관이었다. 국새가 모든 공문서에 날인되는 것은 아니다. 헌법의 개정안, 대통령이 임명하는 공무원의 임명장, 훈․포장증, 각종 외교문서 등 일부 문서에만 사용 된다. 평균적으로 일 년에 13000~16000여 번 정도 날인되며 공무원 퇴임 시기인 2월 말 가장 많이 쓰이는 것으로 알려졌다.